那覇空港へは、全国29の都市から32路線が運航しています（就航都市一覧｜飛行機にのる｜那覇空港旅客ターミナルビル）。
しかし、多くの路線が1日1、2便しかなく、ある程度の便数があるのは、次の路線に限られます。JTAはJALに含めています。スカイマークの宮古便は下地空港発着です。
| JAL | ANA | SKY | ｿﾗｼｴﾄﾞ | RAC | ﾋﾟｰﾁ | ｼﾞｪｯﾄｽﾀｰ | 計 | |
| 羽田 | 13 | 13 | 6 | 5 | 37 | |||
| 成田 | 3 | 5 | 8 | |||||
| 中部 | 2 | 4 | 3 | 3 | 1 | 13 | ||
| 伊丹 | 2 | 4 | 6 | |||||
| 関空 | 3 | 4 | 6 | 2 | 15 | |||
| 神戸 | 5 | 6 | 11 | |||||
| 福岡 | 6 | 9 | 3 | 2 | 3 | 23 | ||
| 鹿児島 | 2 | 2 | 4 | |||||
| 宮古 | 8 | 6 | 2 | 16 | ||||
| 石垣 | 7 | 6 | 4 | 1 | 18 |
| JAL | ANA | SKY | ｿﾗｼｴﾄﾞ | ﾋﾟｰﾁ | ｼﾞｪｯﾄｽﾀｰ | |
| 羽田 | 13810 | 15460 | 9910 | 11370 | ||
| 成田 | 6390 | 5580 | ||||
| 中部 | 13880 | 13880 | 8980 | 5090 | 5880 | |
| 伊丹 | 13780 | 14770 | ||||
| 関空 | 13880 | 14870 | 5490 | 4350 | ||
| 神戸 | 5540 | 5540 | ||||
| 福岡 | 11790 | 11790 | 4950 | 4950 | 4200 | |
| 鹿児島 | 15440 | 10070 | ||||
| 宮古 | 6070 | 6070 | 4790 | |||
| 石垣 | 5960 | 5960 | 4740 |
JALの料金体系は次のように変更されました（JALグル ープ 、国内線運賃(2023年4月12日以降搭乗分)を全面リニューアル）。フレックスは普通運賃、セイバーは搭乗日の27日前までに購入する場合の早期割引、スぺシャルセイバーは搭乗日の28日以前に購入する場合の早期割引です。
ANAの早期割引（バリューとスーパーバリュー）は細かく刻んでいます（ANA VALUE・ANA SUPER VALUEは最大355日前から予約可能！）。
ピーチの関空発の最安運賃は5,490円ですが、諸税・空港使用料等660円と支払手数料（決済手数料）640円がかかるため、合計金額6,790円となります。 しかも、これはシンプルピーチの値段です。シンプルピーチでは、受託手荷物は有料となります。
受託手荷物は1個20kgまでで、1,950円です。折りたたみ自転車は、「梱包ケースを含むもっとも長い辺の長さが100cm未満」なので、通常の手荷物として預けられます（自転車を預けられますか）。したがって、折りたたみ自転車を預けた場合は、ピーチの料金総額は、10,690円となります。
ジェットスターの関空発の最安運賃は4,350円ですが、国内線空港施設使用料680円と支払手数料（決済手数料）640円がかかるため、合計金額5,670円となります。 しかも、これはStarterの値段です。Starterでは、受託手荷物は有料となります。
受託手荷物の料金は5kg刻みとなっています。20kgを選ぶと、料金は2,240円なので、料金総額は、7,910円となります。なお、折りたたみ自転車は、ケースを含めて1辺の長さが1mを超えないので、追加料金は発生しません（サイズの大きな手荷物）。
旅客機の運賃は、曜日によって、あるいは同じ日でも時間帯によって運賃は大きく変動します。2023年4月28日現在の、ピーチの関空発沖縄行きの2023年9月の運賃の最安値は次のようになっています。
9月16日便の最安値は12,690円ですが、1日のうちでも運賃は次のように変動しています。
一方、ANAの関空発沖縄行きの9月6日便の運賃は次のようになっています。以前は、ピーチ便はANAとのコードシェア（共同運航）だったのですが、ANAで購入すると、割高なうえサービスは劣るという不合理があったため、現在は窓口をピーチに一本化しているようです（ANAとピーチのコードシェアが休止！ANA便検索でPeach国内便のスケジュール表示される理由を解説！、コードシェア便（共同運航便）って何？）。混んでいるときは、LCCの航空運賃も高くなるので、諸税・空港使用料等、支払手数料、受託手荷物料金を含めると、ピーチとANAの料金はさほど違わないようです。
ピーチはエアバスa320で、ANAはボーイング737です。一般に、LCCの座席はJALやANAに比べ狭いようです（ピーチ航空初めて体験談！座席が狭いは本当？ANAと比べてみた）。 フルサービスキャリア（ANA・JAL）を選ぶか、LCC（ローコストキャリア：ピーチ・ジェットスター）を選ぶかは、多少広い座席にどれだけの価値を認めるか、あるいは単なる移動手段に見栄を張る必要はないと考えるかどうかなどの問題だと思います。